Desde os anos 1930 a Vila Santa Maria foi surgindo, crescendo e se consolidando entre a Vila Rodrigues e a Capela Santo Antônio da Vila Ricci, em Passo Fundo. A comunidade católica se organizou e criou, em 1948, a capela da Sagrada Família, onde hoje está a Matriz São Francisco. A escolha dos padroeiros "Sagrada Família" deu-se por influência dos padres da Sagrada Família que atendiam, e atendem até hoje, a Paróquia Santa Teresinha, na Vila Rodrigues. Até 1969 a capela continuou pertencendo à Paróquia de Santa Terezinha.

Com a criação da Paróquia São Cristóvão, em 1969, a capela começou a ser atendida pelos sacerdotes da Paróquia de São Cristóvão. O atendimento era regular, com celebrações de missas às quartas feiras, sábados e domingos, com boa afluência de povo. Lá se faziam os batizados e casamentos da vila. A capela era de madeira, em estado de má conservação. Foi decisiva uma ajuda conseguida pelo Pároco de São Cristóvão, Pe. Ercílio Simon, da Igreja Alemã, através da organização ADVENIAT, em 1974-1975, quando foram comprados mais terrenos e estabelecida uma base econômica para a construção da futura Igreja e do futuro Pavilhão.

Com o contínuo crescimento da cidade, e especialmente do bairro São Luiz Gonzaga, assim como da Vila Nova, começou-se a pensar na criação de uma nova paróquia com sede na capela existente. Havia interesse dos padres capuchinhos em ter uma base em Passo Fundo, onde seus seminaristas estudantes de filosofia pudessem morar, enquanto faziam o curso no Instituto de Filosofia Pe. Berthier. Parecia difícil, pois não existia Casa Paroquial. Foi quando os padres capuchinhos compraram dois terrenos ao lado da capela, com uma velha casa de madeira encima. Embora sendo propriedade da Província Capuchinha, a casa foi cedida para ser a futura "Casa Paroquial".

Criaram-se assim as condições e a paróquia foi criada no dia 03 de dezembro de 1982. Foi a primeira paróquia criada pelo novo Bispo Dom Urbano Allgayer que há poucos meses havia assumido a direção da Diocese, em lugar de Dom Cláudio Colling que havia sido nomeado Arcebispo de Porto Alegre.

Note-se, porém, que nesta data foi trocado o padroeiro da nova paróquia. Em lugar de ser a Sagrada Família passou a ser São Francisco de Assis, por influência dos padres capuchinhos, filhos de São Francisco. Como atitude de reparação, foi depois criada a capela da Sagrada Família na Vila Nova, pertencente à nova paróquia.
Uma dificuldade material sempre acompanhou esta paróquia. Nos tempos de capela a edificação da mesma era precária, de madeira, com sucessivos aumentos de um lado e de outro, verdadeiros remendos, que criavam insegurança nos que a frequentavam. Depois, quando foi construída a capela de alvenaria, logo notou-se que o telhado tinha sido mal feito e ameaçava cair, abrindo as paredes laterais. Novamente foram feitos remendos, mas o problema não foi resolvido. Somente em 2003, com muita coragem, foi feita uma verdadeira reforma e ao que tudo indica este problema está definitivamente resolvido.

Resta agora o eterno trabalho de construção da Igreja viva, a das pessoas e seus corações. A paróquia ficou de bom tamanho, com grandes bairros e com a presença do Presídio Regional com centenas de presos. Também está sediada na paróquia o CASE, antiga FEBEM, que dá guarida a quase uma centena de menores com necessidade de atendimento especializado.

Em 2005 foi iniciada a construção de uma nova Secretaria Paroquial, com possibilidade de ser Casa Paroquial, aproveitando o espaço existente entre frente da Igreja e a Av. Aspirante Jenner. O Frei Camilo Bordignon liderou, muito animado, esta melhoria.
Posteriormente, a Paróquia foi entregue novamente para a responsabilidade dos padres diocesanos.