A história da Paróquia São Cristóvão é relativamente recente, pois foi criada apenas em 1969. Muitas de suas capelas são bem mais antigas, tendo sido atendidas pelos padres da Paróquia Nossa Senhora da Conceição, tais como Santo Antônio da Vila Ricci, São José, São Valentim. Depois, a partir de 1945, com a criação da Paróquia Santa Teresinha, a região passou a ser atendida por esta Paróquia. Nos meados do século 20 a cidade começou a crescer na direção da saída para Marau, principalmente a partir dos anos 1950. Dom Cláudio Colling, prevendo o futuro, começou a olhar com carinho para aquela região. Em 1960 Dom Cláudio nomeou o jovem Pe. Paulo Farina, que dirigia o Lar da Menina, como organizador da futura Paróquia. Pensou-se logo num padroeiro e como o bairro tinha muitos motoristas prevaleceu a escolha de São Cristóvão, padroeiro dos motoristas. O Pe. Paulo abraçou a causa e já em 1961, cinco de novembro, foi realizada a primeira festa de São Cristóvão, com procissão de carros, procissão que a partir de então sempre foi realizada e só tem crescido, chegando a ter a participação de milhares de carros para receber a bênção. Sob a direção do Pe. Paulo foram comprados e pagos os vários terrenos que ofereceram o amplo local para a sólida estrutura paroquial hoje existente.

No dia 5 de maio de 1963 foi colocada a pedra fundamental da monumental Igreja que hoje temos. Era o tempo em que se sentia a influência da construção da capital Brasília, onde não se economizava cimento, o que se pode notar na planta escolhida para ser o templo da futura paróquia. Ainda em 1963 foi feito o estaqueamento, colocado como alicerce para o grande templo. Já em 8 de setembro de 1968 era inaugurada a primeira etapa do templo, que se restringia às três pontas de telhado mais distantes da futura torre.

A criação da paróquia se deu no dia 16 de fevereiro de 1969, tendo como primeiro Pároco o Pe. Riccardo Spagnoli, italiano, diocesano de Fiesole. Além dos bairros Santa Maria, Vila Ricci, São Cristóvão e Planaltina, a nova Paróquia abrangia vasto interior, absorvendo também várias capelas da Paróquia de Marau. O Pe. Riccardo precisou voltar à Itália por motivo da morte de seu pai e a Paróquia foi então entregue ao segundo Pároco, Pe. Pedro Ercílio Simon, no dia 01-01-1974. Durante os anos 1975 e 1976 foi construída a parte maior da estrutura em concreto que faltava, inclusive a torre. Tendo sido nomeado Reitor do novo Seminário Nossa Senhora Aparecida o Pároco Pe. Ercílio entregou, no dia 9 de outubro de 1976, a direção da Paróquia ao terceiro Pároco, Pe. Darci Treviso. Durante sua administração, que perdurou até 05-02-1989, foi concluída a Igreja, tendo sido feitas as paredes, colocado o telhado, aberturas e o piso, etc...

A cidade não parava de crescer e a Paróquia São Cristóvão havia se tornado muito grande. Foi então subdividida com a criação de nova Paróquia no bairro Santa Maria, em 03-12-1982. A Capela do bairro Santa Maria tinha como padroeiro a Sagrada Família. Quando se tomou paróquia foi trocado o padroeiro, passando para São Francisco de Assis e se tornou a sede da nova paróquia, surgida em sua maior parte da Paróquia São Cristóvão.
A paróquia sempre contou com a colaboração pastoral inestimável das Irmãs Scalabrinianas que haviam construído sua sede Provincial em território da paróquia, transferida mais tarde para Porto Alegre. Também os Padres Carmelitas construíram um Seminário menor em território da paróquia e até hoje prestam bons serviços. Igualmente os Padres da Sagrada Família por tempos variados mantiveram comunidades de seminaristas próximos à sede paroquial e sempre colaboraram pastoralmente.

Uma vez concluídas as construções da Igreja, salões e a reforma da Casa paroquial pelo Pe. Darci Treviso, a vida da paróquia seguiu normalmente, sempre dirigida por zelosos párocos.