Os índios caingangues foram e continuam sendo espectadores e participantes da história de Água Santa. Eles habitam a região desde tempos imemoriais. Foram testemunhas do lento desaparecimento das vastas florestas de pinheiro e outras madeiras de lei, substituídas primeiramente pelas culturas feitas à base do arado de boi, da agricultura familiar de milhares de colonos e depois pelo ronco dos tratores da moderna agricultura, que hoje domina a região.

O nome de Água Santa tem origem em curas obtidas através das águas de uma gruta existente nas proximidades da localidade.
O primeiro capitel em honra de Santo Antônio, de madeira lascada, foi erguido em 1918. Em 1921 foi erguida a primeira capela, pequenina, com 3m por 4m, em terras de Celeste Dorini. Os padres de Passo Fundo começaram a atender espiritualmente os colonos. Certamente os padres palotinos José Rafael Job, Pedro Wimmer, Carlos Kolb, Francisco Koenig e Roberto Rosenfeld, em suas andanças pelo imenso interior da Paróquia de Passo Fundo, atenderam os colonos de Água Santa, até 1925. Porém, ao que consta o primeiro padre a marcar fortemente sua presença foi Pe. Carlos Lange, Missionário da Sagrada Família, de Passo Fundo, que fazia todo o percurso a cavalo, acompanhado por pelo menos um colono. Em 1925, já traçado o quadro urbano, a pequena capela foi trazida para a vila, inteira, sem demoli-la, puxada por três juntas de bois, sobre toros de pinheiro. Esta capela durou até 1927, quando foi construída outra, um pouco maior, de 5m por 10m. A partir desse ano, 1927, a capela passou a ser atendida por Vila Teixeira (Tapejara), que havia sido promovida a paróquia. De lá vinha inicialmente o Pe. Júlio Marin e depois o Pe. Calógero Tortorici para o atendimento religioso de Água Santa. Em 1941, o jovem sacerdote Pe. Paulo Chiaramonte, sobrinho do Pe. Calógero Tortorici organizou e incentivou a construção de uma Igreja maior, com 10m x 25m x 11m de pé direito. Foi acidentada a construção deste novo templo. Primeiro morreu um carpinteiro numa queda durante a construção. Depois, apenas coberta a Igreja com telhas de barro, o peso foi tanto que a construção desabou totalmente em outubro de 1941. O desastre retardou a criação da paróquia, prevista para janeiro de 1942. Mas, refeitos os ânimos, foi criada a paróquia no dia 13 de junho de 1943. O padroeiro da nova paróquia: Santo Antônio. Aí, com entusiasmo, reconstruíram a Igreja Matriz, que foi inaugurada em 26 de novembro de 1944. A atual Igreja Matriz, projetada por Emilio Zanon, iniciada em 1968, foi solenemente inaugurada no dia 15 de junho de 1974. Todo projeto foi liderado pelo pároco Pe. Darcy Zanolla, a quem se deve também a construção do amplo salão e de quase todas as capelas da paróquia.