Os registros da organização religiosa da paróquia constam do ano de 1881, com a doação das terras para começar um povoado em honra do Senhor Bom Jesus, por iniciativa da família Vargas e demais habitantes da região. A escolha do terreno e do padroeiro se deu por conta da devoção de Pedro Vargas ao Senhor Bom Jesus.
Com a doação das terras foi criado o curato com uma capela e em 1910 a construção de um segundo templo onde hoje se encontra a atual igreja Bom Jesus. E a elevação da capela à paróquia se deu por Dom Attico Eusébio da Rocha, bispo de Santa Maria em 28 de abril de 1927, desmembrada de Passo Fundo e Palmeira das Missões.
A imagem do padroeiro reporta a Nosso Senhor Bom Jesus na manhã da sexta-feira santa, quando ele foi amarrado na coluna, coroado de espinhos e humilhado publicamente (Jo 19,1). E a devoção ao Senhor Bom Jesus é herança dos tropeiros, em especial Pedro Vargas, que passava pela foz do rio Ribeira de Iguape no Paraná, onde existe um santuário dedicado ao Senhor Bom Jesus do Iguape.
Um fato interessante da paróquia é que em quase cem anos de existência, praticamente dois párocos conduziram o governo pastoral: o Cônego João Batista Sorg que atuou de 1929 a 1959 e o Cônego João Gheno Netto que foi pároco de 1960 até 2015 e segue como vigário paroquial. A história destes dois padres se confunde com a história da paróquia e do município pelo tempo dedicado a evangelização nestas terras.
Da paróquia Bom Jesus foram sendo desmembradas as comunidades que compõe as paróquias da Glória, da Fátima e por último as comunidades pertencentes à paróquia São José. Atualmente, são 6 comunidades organizadas nos bairros e centro da cidade, mais o Hospital de Caridade, o Presídio Estadual, duas escolas católicas e várias escolas públicas, a comunidade das Irmãs Notre Dame e serviços de evangelização e missão.