No ciclo dos tropeiros (final do século 18 e início do século 19) a região onde hoje se localiza o município de Barra Funda foi chamada de "barra" pois o local era utilizado para fazer a travessia do gado pelo Rio da Várzea. Por tratar-se do local onde o rio Agusso encontra o Rio da Várzea, formando uma barra e por ser um tanto funda, dizia-se "barra funda". Já em 1919 passou a constar como localidade de "Barra Funda". Em 1963 a localidade passou a ser distrito de Sarandi. Em 20 de março de 1992 foi criado o município de Barra Funda, desmembrado de Sarandi.

A vida econômica do município tem como fatores de produção a agricultura (soja, trigo, milho, uva, etc), a pecuária (gado leiteiro, aves de corte e postura, suinocultura, piscicultura) e a indústria, salientando-se a forte e conhecida marca das Águas Minerais Sarandi.

Após muita insistência dos católicos de Barra Funda, a Paróquia Nossa Senhora dos Navegantes foi criada a 6 de fevereiro de 2005, por Dom Ercílio Simon. Na verdade, se fez necessária sua criação, tendo em vista que os padres de Sarandi, a cuja Paróquia Barra Funda pertencia, precisavam se dedicar mais à cidade de Sarandi, que crescia rapidamente. O pe. Hilário Fritzen ajudou na preparação da paróquia e como primeiro pároco foi nomeado o Pe. Itamar Lavarda, que até então já atendia a localidade como Pároco de Nova Boa Vista, e era também encarregado de preparar a nova paróquia.