A origem da cidade de Passo Fundo e da Paróquia Nossa Senhora da Conceição se confundem. Sob a proteção de Nossa Senhora da Conceição Aparecida surgiu o que hoje é a bela cidade de Passo Fundo. A influência dos tropeiros paulistas se fez sentir com a escolha da padroeira da primeira capela aqui erguida: Nossa Senhora da Conceição Aparecida, ou, como "Freguesia de Nossa Senhora da Conceição Bem Aparecida de Passo Fundo”. A data provável do estabelecimento do curato (ainda não se trata de paróquia) é de 1835 ou 1836. Em 1836 foram feitos e registrados os primeiros batizados feitos pelo Pároco de Cruz Alta, Pe. José Manuel de Oliveira Libório. Alguns padres ambulantes, possivelmente paulistas, que aqui cruzaram com os tropeiros, fizeram mais alguns batizados (Pe. Fidélis José de Moraes, Pe. Isaias Ribeiro de Andrade e Silva, Pe. João Vaz de Almeida, Pe. Cândido Lúcio de Almeida). Durante a Revolução Farroupilha, Passo Fundo esteve sem cura fixo. Em agosto de 1846, já terminada a revolução, estava como cura em Passo Fundo o beneditino Pe. Francisco da Mãe de Deus Cunha. A paróquia foi criada no dia 26 de novembro de 1847 por lei provincial. Já em 13 de dezembro de 1847 era provisionado o primeiro Pároco, o mesmo Pe. Francisco da Mãe de Deus Cunha, baiano, beneditino.
Nestes primeiros anos de curato e paróquia, a sede paroquial se localizava onde hoje está a Catedral de Passo Fundo. A mudança de local de onde se encontra hoje a Catedral para onde se encontra atualmente a Matriz da Conceição, ocorrida no findar do século 19, se deveu ao fato, provavelmente, de que a cidade se estendia mais na direção do atual bairro do Boqueirão

A vida espiritual da paróquia seguiu, por vários decênios, com muitas dificuldades. A prática religiosa não era muita. A paróquia era geograficamente enorme, abrangendo a vasta região que hoje são centenas de paróquias e várias dioceses (Passo Fundo, Erexim, parte de Frederico Wesphalen, parte de Santa Maria).
A primeira presença de um Bispo em Passo Fundo, ao que consta, foi de Dom Cláudio José Gonçalves Ponce de Leão, em 17 e novembro de 1891. Era Bispo de Porto Alegre, embora na assinatura de seu termo de visita pastoral tenha assinado como Bispo de São Pedro do Rio Grande do Sul. Dom Cláudio José Gonçalves Ponce de Leão deixou escritas algumas observações interessantes que bem mostram a sofrida realidade da Igreja em Passo Fundo, no findar do século 19, mais precisamente em 17 de novembro de 1891. Ele diz, após a visita à Paróquia da Conceição:

"Os sacramentos da Penitência e da Eucaristia estão completamente abandonados, há longos anos (o grifo é nosso); portanto não pode existir neste povo a força sobrenatural absolutamente necessária(...) Com mansidão e perseverança este bom povo voltará à frequência dos sacramentos".... (Livro Tombo).

Igualmente o bispo se alegra porque a velha Igreja Matriz, sem condições, vai ser substituída por uma nova:

"Com muito grande consolação nós achamos já resolvida a edificação de uma nova Matriz - Que Deus abençoe este tão santo desejo(...) Os fiéis desta freguesia deram muitas provas de serem verdadeiros católicos ". (Livro Tombo).

Esta "nova" matriz de que bispo fala é a atual Igreja Matriz Nossa Senhora da Conceição, cujas obras foram iniciadas em 01 01/1893. Porém o trabalho foi logo interrompido pelas lutas políticas da época (Revolução Federalista). Foi inaugurada em 1909. A torre da Matriz da Conceição, no entanto, só foi construída em 1931.
A Paróquia Nossa Senhora da Conceição foi, desde o início, atendida pelos padres diocesanos. Foi entregue aos cuidados dos padres palotinos em 1903. Os padres palotinos dirigiram a paróquia até janeiro de 1929, quando foi entregue aos cuidados dos padres Missionários da Sagrada Família. Estes a conduziram até 28 de setembro de 1986, quando retornou aos cuidados dos padres diocesanos.

A presença da ação da Igreja em obras de caridade já era marcante no início do século 20. O bispo, em suas observações faz breve descrição e usa um termo para nós desconhecido ao se referir aos "infelizes filhos do deserto, os pobres caboclos". Vejamos: ".... Merece também elogio a sua caridade (do Pároco) para com os pobres... muitas vezes a mais heroica abnegação, e o carinho com que acolhe os humildes e os infelizes filhos do deserto (sic) - os pobres caboclos, os quais se mostram gratos e dedicados ao seu amigo e benfeitor - o Revdo. Vigário".

Em 1910, com a criação da Diocese de Santa Maria, a paróquia deixou de pertencer à Diocese de Porto Alegre e começou a fazer parte da nova Diocese de Santa Maria. Em 1951, com a criação da Diocese de Passo Fundo, deixou de pertencer à diocese de Santa Maria, pertencendo desde então, naturalmente, à Diocese de Passo Fundo.

Apesar de todos os elogios feitos em 1908 pelo Bispo Dom João, de Porto Alegre, o novo Bispo de Santa Maria, Dom Miguel Valverde, em sua primeira visita pastoral, feita a 22 de abril de 1913, notou as dificuldades ainda existentes. Ele escreveu:

"Que se funde um centro de doutrina cristä...único meio de obviar a profunda ignorância religiosa". Observação interessante é que a vida religiosa, sacramental, não era intensa na cidade, ao ponto de, em todo o ano de 1912, serem contadas apenas 200 comunhões na sede paroquial e quase só de mulheres.

Em janeiro de 1929 o Bispo de Santa Maria entregou a Paróquia Nossa Senhora da Conceição aos padres Missionários da Sagrada Família.

A atual Casa Canônica da Paróquia da Conceição foi construída entre 1947-1949. Um aumento importante dos espaços na Casa Paroquial foi feito nos anos de 2003 e 2004, proporcionando melhor ambiente para os padres e seminaristas estudantes de teologia, que desde 1987 lá residem.

No dia 19 de janeiro de 1950 o Bispo de Santa Maria, Dom Antônio Reis, por decreto, modificou o nome da paróquia para Paróquia Nossa Senhora da Conceição (sem Aparecida), por causa da criação, no dia seguinte, da paróquia Nossa Senhora Aparecida, a futura Catedral, em virtude do previsto surgimento da Diocese de Passo Fundo.

De fato, a Diocese foi criada no dia 22 de julho de 1951 e a nova Paróquia com o seu templo ainda em construção, tornou-se Catedral Nossa Senhora Aparecida. Este é o motivo porque a Paróquia da Conceição não se chama mais Nossa Senhora da Conceição Aparecida, mas simplesmente Nossa Senhora da Conceição, ficando o nome de Nossa Senhora Aparecida para a Catedral.

No dia 06/12/1954 o primeiro Bispo de Passo Fundo, Dom Cláudio Colling resolveu um crônico problema dos passofundenses. Como os terrenos de quase todo o centro urbano de Passo Fundo faziam parte da doação do Cabo Neves, ainda em 1827, à Capela Nossa Senhora da Conceição Aparecida, ninguém possuía escritura de suas casas e terrenos. Somente tinham um alvará da Prefeitura. Dom Cláudio, num gesto magnânimo, transferiu tudo ao município que então pôde regularizar a crônica questão dos "terrenos foreiros ou de alvará".

A partir da criação da Diocese em 1951, a paróquia de Nossa Senhora da Conceição deixou de ser o centro impulsionador da evangelização na cidade e região e em seu lugar surge a Catedral Nossa Senhora Aparecida como a Igreja-Mãe da Diocese. Mas, para o povo, a Paróquia Nossa Senhora da Conceição